Les habitants du bassin de la Garonne utilisent une moyenne de 250 litres d’eau potable par jour. Celle-ci provient pour les deux tiers du fleuve et de ses affluents et pour un tiers de nappes souterraines. Cette moyenne cache une grande disparité entre l’amont, qui ne dispose guère que de ressources de surface, et l’aval, très riche en eaux souterraines: la quasi-totalité du Grand Toulouse est alimentée parla Garonne alors qu’en Gironde, 80% de l’eau potable est extraite du sous-sol.
Les prélèvements en rivière posent problème pour des petits cours d’eau dont le débit peut être insuffisant pour satisfaire les besoins des populations et ceux des milieux aquatiques. À l’inverse, les prélèvements pour l’eau potable n’ont pas d’impact perceptible dans des grands cours d’eau comme la Garonne. Les prélèvements d’eau potable de l’agglomération toulousaine sont de l’ordre de 2,5 m³/s alors que le débit d’étiage du fleuve est de 50 m³/s et que le plus faible débit jamais enregistré a été de 23 m³/s (21juillet 1989). De surcroît, plus des deux tiers des volumes prélevés au fleuve pour l’eau potable lui sont restitués quelques dizaines de kilomètres à l’aval.