Fort de ce protocole d’accord, les partenaires ont alors bâti un projet d’études et d’actions pour le fleuve intitulé «La vallée de la Garonne, un territoire transfrontalier», auquel l’Europe apporte son soutien financier dans le cadre du Programme d’Initiative Communautaire INTERREG III A.
Le lancement officiel de ce projet INTERREG a eu lieu le 30 Novembre 2002 à Vielha, en Espagne, au cours d’une présentation publique devant les élus du Val d’Aran et du Comminges et les acteurs politiques de la coopération transfrontalière, entres autres, le ministre de l’environnement de la Catalogne Monsieur Ramon ESPADALER, le président du conseil général du Val d’Aran Monsieur Carlos BARRERA et le président du SMEAG-EPTB Garonne Madame Evelyne-Jean BAYLET.
Le projet INTERREG constitue un élément clé à dimension essentiellement technique de la coopération, par la mise en œuvre d’actions concrètes autour de la Garonne, mais au-delà de ce projet, la coopération transfrontalière est et restera, pour le SMEAG, une priorité politique : car si la gestion intégrée de la Garonne est primordiale pour le haut bassin de la Garonne, elle est absolument nécessaire pour le fleuve dans son ensemble, jusqu’à l’estuaire. C’est pourquoi le SMEAG a dores et déjà initié avec ses partenaires des réflexions sur :

> la création d’une structure commune et transfrontalière de gestion du fleuve,
> l'élaboration d'un plan de gestion transfrontalier de la Garonne reconnu au titre de la Directive Cadre Européenne sur l’Eau, dont les premiers principes pourraient être issus du projet INTERREG en cours.